A vice-presidência para Assuntos de Saúde da FNP é um dos grandes setores de atuação da entidade devido à sensibilidade do tema. Há que se ressaltar que o modelo de administração da saúde pública no Brasil foi substancialmente modificado a partir da promulgação da Constituição Brasileira de 1988, que definiu as diretrizes a serem seguidas para a criação de um sistema unificado e integrado de saúde, com autonomia dos estados e municípios, o Sistema Único de Saúde (SUS). Atualmente, a vice-presidência é coordenada pelo prefeito de Maringá (PR), Roberto Pupin.