O Conselho Fiscal da FNP funciona de modo a atuar na gestão administrativa com o objetivo de proteger os interesses da entidade municipalista. Atualmente é formada por quatro prefeitos. São eles: Alceu Barbosa (Caxias do Sul/RS); Carlinhos Almeida (São José dos Campos/SP) e Rosângela Mendes (Coronel Fabriciano/MG).